En 1919 le pasteur Morel fait un rapport pour le synode de l’Église réformée évangélique sur « le transfèrement » de la Faculté à Montpellier. Trois arguments majeurs plaident en faveur du choix de la ville languedocienne :
- L’existence d’un réseau protestant dense et aux capacités financières importantes,
- La présence d’une Université ancienne (la Faculté de médecine fête ses 800 ans en 2020) et réputée pouvant favoriser les échanges intellectuels interdisciplinaires
- La possibilité, pour les étudiants, de pratiquer l’évangélisation et l’action sociale dans une grande ville ainsi que dans les Églises de la région.
Un long compagnonnage commence ainsi entre la Faculté et les Églises de Montpellier, au début plutôt avec la Chapelle indépendante de la rue Brueys, de tendance évangélique-sociale, qu’avec le temple de la rue Maguelone, de tendance libérale. Mais surtout, les étudiants s’impliquent dans l’œuvre de jeunesse de « La Gerbe » regroupant plusieurs activités menées au sein des Unions Chrétiennes de Jeunes Gens et Jeunes Filles (YMCA) ou des Éclaireurs Unionistes.
Ils participent aussi, sous la houlette du Dr Louis Perrier, à la vie de l’association « Espoir », dans le quartier de Figuerolles, où se trouvait un dispensaire permettant l’accès aux soins pour les plus démunis. C’est d’ailleurs grâce à ce service de soins auprès des plus pauvres que la rue où se trouve la Faculté s’appelle « rue du Dr Louis Perrier ». Elle fut nommée ainsi à la demande des Montpelliérains du quartier en reconnaissance de son action sociale.
Avec le temps, les tendances évangéliques / libéraux se sont estompées. Dans les années 1930 au moment du processus de réunification des Églises réformées, le pasteur Jean Cadier — ancien brigadier de la Drôme —est nommé adjoint au pasteur Émile Ponsoye de la Chapelle, ouvertement hostile à l’Union qui se réalise en 1938… Cadier sera nommé parallèlement chargé de cours puis professeur à la Faculté.
Aujourd’hui celle-ci reste proche (et réciproquement) de l’Église protestante de Montpellier et agglomération (EPUMA) qui fait partie de l’Église protestante unie de France. Elles ont décidé ensemble de fêter l’une son centenaire, l’autre les 150 ans du temple de la rue Maguelone, le dimanche 3 octobre 2021.